对于尿道与阴茎结核主要是继发于患者肾结核，从而导致其他泌尿生殖系统产生结核。因此，主要是进行药物治疗，药物首选一线抗结核治疗药物异烟肼、利福平、吡嗪酰胺和乙胺丁醇，如果一线药物有耐药，那么在选择二线药物如喹诺酮类的左氧氟沙星或者链霉素来进行对症治疗，都可以起到较好的治疗效果。
关键在于早期发现早期治疗，患者必须去泌尿外科或者感染科进行正规有效全程足量足疗程的联合用药，不可以擅自停药，以免结核死灰复燃。