对于尿道与阴茎结合主要是通引起阴茎溃疡的其他疾病相鉴别，如梅毒引起的软下疳、硬下疳以及阴茎恶性肿瘤相鉴别。
因为阴茎结核如果严重会导致阴茎硬结，包括形成以及出现尿瘘，表面出现溃烂，都是由于阴茎结核引起。那么阴茎恶性肿瘤也会在阴茎体出现溃疡或者溃烂，而对其进行鉴别，主要是进行活组织检查或者直接进行涂片，送去病理科进行化验，如果看到是恶性肿瘤细胞，那么阴茎恶性肿瘤可以确诊，必须及时进行手术治疗。而如果是阴茎结核，那么主要是干酪样坏死，同时，患者可以进行尿培养以及抽血检查t-spot，也就是结合感染t细胞检测，抽血检测来进行确诊，如果确诊之后再进行一线抗结核药物对症治疗。