眼皮囊肿不会自己消失。如果不进行处理，一般会始终存在。所以对于囊肿是建议进行尽早治疗，主要的治疗方法是手术治疗切除囊肿。对于用药物、按摩等保守治疗的方法治疗，眼皮囊肿都不会得到有效的根治。
所以在临床上，建议发现眼皮囊肿时，尽早治疗，不然会因为一些因素导致囊肿出现继发感染的情况，可以表现为局部的红肿、疼痛等。如果仍然得不到有效的治疗，进而出现皮下化脓，大多会自行破溃，导致脓性分泌物溢出，囊肿的结构被破坏，即使进行手术治疗，也有可能会残留囊壁，不仅皮肤出现明显的疤痕，而且容易再次复发。
所以，对于囊肿的出现，建议早期手术治疗。注意在手术的过程当中，尽量完整的切除囊肿，不要残留囊壁等情况，不然有可能会再次复发。术后要严格避免切口处碰水，不能喝酒。未行手术前，也不要用手去揉搓囊肿。