表皮囊肿是不会自己消失的。表皮囊肿是皮肤附属器的一种良性的皮肤肿物。表皮囊肿生成的原因是在胚胎时期，局部的异常组织残留之后所引起的，可以缓慢的增大，但是当囊肿长到一定程度之后，一般都不会再继续长。
由于表皮囊肿通常是不会被人体自我吸收的，所以这个囊肿也就不会自己消掉。如果患者长在头面部，影响到美观，可以考虑到医院去手术切除，通常是一种小手术，很快就能够做完，而且不会留下明显疤痕，也不会有后遗症的产生。
表皮囊肿是良性疾病，通过完整的手术切除，把囊壁破坏，清除囊内容物就可以防止复发。平时要加强皮肤的清洁，避免挤压和按压。