囊肿一般为良性疾病，肿物较小时没有临床症状，可以不必特殊治疗，定期观察就可以了。囊肿较大出现了局部的压迫症状或者某些囊肿会影响周围器官的内分泌功能，这时候就需要给予积极的治疗。
有些囊肿是先天性的，有些囊肿是因为后天局部的炎症或其它因素的刺激造成的。根据疾病病因的不同，生长部位的不同，预后也会有所不同。
囊肿一般不会自己消失，常需要手术治疗。但有些炎症刺激造成的单个的小的囊肿，可能会因为炎症的吸收，而出现囊肿消失的情况。