隐球菌肺炎是由新型隐球菌引起，主要是由于呼吸道吸入新型隐球菌引起肺部感染。
隐球菌病可发生于免疫功能正常的人群，常因吸入较多隐球菌孢子而发病，当人体免疫力下降时，隐球菌更易侵入并易引起血行传播，故艾滋病、白血病、糖尿病、肿瘤等免疫能力受损的患者，患本病的机会相对多。
隐球菌广泛分布于自然界中，尤其以鸽粪中为多，鸽粪被认为是最重要的传染源，飞扬起的隐球菌孢子可存在于空气中，人吸入空气中的隐球菌孢子为主要感染途径，如果接触鸽子、大量霉变水果、发酵的食物、免疫功能受损的人群，容易感染隐球菌。