肺隐球菌病的致病菌是新型隐球菌，主要由呼吸道吸入引起肺部感染或产生血型播散，中枢神经系统容易受到侵犯，其他如骨髓、皮肤粘膜等也可发生病变，属于急性或慢性的深部真菌感染。其病原菌新型隐球菌广泛存在于土壤中，鸟禽类，尤其是鸽子是人类隐球菌病的重要传染源。当正常人吸入隐球菌后引起肺内感染，病变多局限于肺内，较少出现症状。而当患者劳累或存在免疫功能低下时，吸入该菌后在肺内形成病灶经血液播散至全身，且多容易侵犯中枢神经系统、骨髓等。