在通常情况下，肛拭子进行采样的时候，并不需要让患者蹲下来。
肛拭子进行采集时，患者取侧卧位或者向前趴着，双手稍微分开臀部，暴露出肛门即可。采集的人将采集的棒头，用生理盐水充分浸润和蘸湿，沿着直肠壁插入肛门3~4cm。然后进行旋转，约旋转2圈，拔出即可。
肛拭子通常是通过采取直肠内的标本，来检查是否有病原菌的一种方式和方法，其准确率相对要比鼻拭子和咽拭子较高。因为病毒有可能在消化道内进行存留，也会随着粪便排出体外，所以肛拭子采集是一种对咽拭子的补充。