脑干血管畸形可通过以下方式治疗：
1.一般治疗。首先，建议患者应规律生活，避免情绪激动。既往有高血压的患者，应服用长效的降压药物控制血压，避免血压产生过大波动。如果伴有癫痫的患者，应根据癫痫类型服用抗癫痫药物。
2.手术治疗。如果脑干血管畸形反复发作，应采取手术治疗的方式，包括介入治疗或血管畸形部分切除治疗。脑干血管畸形是一种比较危险的疾病，如果破裂以后出血量较多，会影响人体生命，患者可能会突然进入昏睡、昏迷，甚至死亡。