胰腺结石的手术风险，与胰腺结石的大小、位置、胰腺损伤的程度，以及并发症等密切相关。
首先，胰腺结石的位置和大小不同，采取的治疗手段也不一样。部分患者可采取内镜取石，这种手术方式没有切口，具有恢复快、损伤小等特点。但是术后容易造成消化道细菌的逆行感染，形成胰腺炎，而且较大的结石也不适用。
对于胰腺结石的患者，除了内镜手术和传统的取石手术外，如果结石造成了胰腺的损伤或结石较多，根据结石的位置，需要做胰头切除、或胰体切除、或胰尾切除等，手术风险各不相同。