胰腺囊腺癌手术的风险取决病变位置的情况，胰腺肿瘤可以存在胰腺头部及胰腺体尾部的情况。肿瘤的位置不同可以导致肿瘤的手术治疗方案也不一样。
位于胰腺头部的肿瘤，主要采取胰十二指肠手术根治，而位于胰腺体尾部肿瘤，治疗上主要采取胰体尾切除及脾脏切除。胰十二指肠的手术风险则是比较胰体尾手术的风险大的多。
术后需要依据病理分期决定后续的治疗，一般来说胰腺囊腺癌术后都是需要采取常规化疗治疗，从而控制疾病复发及转移的情况。