根据甲状腺炎的种类不同，所用的药物也是不一样的。
急性甲状腺炎是由细菌感染所导致的一组甲状腺的急性炎症，一般用抗生素进行治疗，大多数选用青霉素类的抗炎药物。也可以做药敏试验，根据药敏结果选用抗生素是最为理想的。
如果发生了亚急性甲状腺炎，由于是病毒感染，这种甲状腺炎是不需要用抗菌素治疗的，主要是对症治疗。如果疼痛明显，可以用一些非甾体类的止疼药。如果出现发烧，可以用一些退烧药物，重症的可以用一些肾上腺皮质激素。
而桥本式甲状腺炎是由自身免疫功能导致的甲状腺炎，如果发生甲状腺功能减退症，给予左甲状腺激素替代治疗。在没有发生甲减时，一般是静态观察，不需要用抗生素以及其他的特殊方法进行处理。