环磷酰胺是一个抗肿瘤的药物，其主要不良反应，包括消化道症状，患者应用后可出现恶心、呕吐、食欲减退等不良症状。本药物还有骨髓抑制方面的不良反应，以血小板减少和白细胞减少最为常见，其对肝功能也有一定影响。
环磷酰胺的不良反应，还包括泌尿系统反应，可对膀胱产生刺激症状，出现少尿、蛋白尿、血尿、血性膀胱炎等。
此外，本药物还有其他一些不良反应，比如引起口腔炎、出现脱发、皮肤色素沉着等。女性患者应用，有可能引起月经紊乱。对男性患者可造成活性精子减少，或者无精子等不良反应。