急性全自主神经功能失调需要和以下疾病进行鉴别。
一、格林巴利综合症，格林巴利综合症发作的时候会有上呼吸道感染的症状，随着病情的进展会出现双下肢迟缓性瘫痪，症状逐渐加重，可累及到颈部甚至颅神经，会伴有感觉障碍、运动障碍和自主神经功能障碍。
二、糖尿病，糖尿病的主要症状为多饮、多尿、多食、消瘦，随着病情的进展会引起糖尿病的自主神经功能失调，本病血糖升高，胰岛功能异常可和全自主神经功能失调相鉴别。
三、酒精性神经病，患者有长期的嗜酒的病史，伴有肢体麻木、感觉异常、智能减退、自主神经功能异常的症状。