微小病变肾病并发症主要包括感染、血栓栓塞、急性肾衰竭等。感染是微小病变肾病综合征最常见的并发症。多隐匿起病，临床表现不典型，是导致肾病综合征复发或疗效不佳的主要原因之一。与患者免疫功能紊乱、营养状况下降以及糖皮质激素应用有关。常见感染部位为呼吸道、泌尿道、消化道以及皮肤。
而血栓栓塞是微小病变肾病另一并发症，它的发生与血液浓缩、高脂血症导致的血液粘稠度升高以及肝脏合成纤维蛋白原和部分凝血因子增加等因素有关。急性肾衰竭是微小病变肾病另一重要并发症，可分为肾前性急性肾衰竭以及特发性急性肾衰竭。
肾病综合症时可因有效循环血容量不足而导致肾灌注的减少，可以引起肾前性的氮质血症，经扩容利尿之后可以恢复。而少数病例可以出现急性肾衰竭，表现为无明显诱因的少尿或无尿，扩容利尿无效，多见于微小病变型肾病。