治疗化脓性食管炎的原则，就是清热解毒、消肿溃间以及活血止痛。可以使用白芷贝母、当归、甘草皂角刺、天花粉、金银花、乳香、陈皮等药物，并且还要根据症状来随证加减。
如热盛的可以加用蒲公英、连翘；如果湿重的可以加黄柏、车前子等药物；如果患者转为寒重，可以加生姜、桂枝；气虚的加太子参、黄芪等药物。
不过化脓性食管炎在急性发作期，还是应该考虑的是进行西医的专业治疗，因为喝汤药对于食管也会有一定的刺激的。在急性发作期，在必要的情况下是禁食的，也就是不能吃饭也不能喝水，所以吃药也不利于消化道黏膜的修复。