巧克力囊肿跟激素水平可能会有一定的关系的，但是巧克力囊肿的发生，它主要是子宫内膜异位到卵巢而导致卵巢形成卵巢巧克力囊肿，它会出现痛经，并且呈逐渐加重趋势，会出现不排卵影响生育情况。
一般通过手术治疗后也容易出现复发，这种疾病不容易治疗，所以有巧克力囊肿的情况下一定通过手术的方式尽早治疗，会影响生育的。
巧克力囊肿的发生，一般是与各种宫腔操作有关系，或者是生产、引产，或者是经期同房这些都有关系，出现子宫内膜异位症，异位到卵巢形成巧克力囊肿，必须根据情况积极治疗。当出现激素水平异常时，主要是会引发月经的改变，出现内分泌紊乱。