躁狂抑郁症的治疗相对比较复杂。因为躁狂抑郁症既可以表现为抑郁发作，也可以表现为躁狂发作。
躁狂和抑郁症可以单独发作，也可交替发作，故临床治疗药物以情绪稳定剂为主，例如丙戊酸钠、丙戊酸镁、碳酸锂、卡马西平等药物，也有新型抗抗精神病药物，例如奥氮平、氨磺必利、喹硫平、利培酮等药物。
必要时可慎重使用抗抑郁药物，例如舍曲林、度洛西汀等药物。病情严重可合并物理治疗、无抽搐电休克治疗。