细菌性肠炎有可能需要住院治疗。尤其是出现了肠穿孔或者中毒性肠炎、败血症、脓毒血症等严重并发症，需要立即住院治疗。并且密切监测患者的生命体征变化、监测患者的病情变化，同时也需要定期复查患者的肝功能以及肾功能等情况。
假如细菌性肠炎症状不是很严重，并且精神状态良好、食欲正常，只有大便次数增多，偶尔出现腹痛症状时，一般不需要住院治疗。
在明确感染的细菌种类后，在医生的指导下使用抗生素，可以口服用药2~3天，再次到医院复查。