对于食物中毒，和急性胃肠炎是有着一定区别的。食物中毒和急性胃肠炎虽然都有腹痛、腹泻、恶心、呕吐等情况，但是，食物中毒的患者上述症状相对较为明显、较为严重，会出现典型的腹痛，尤其是以肚脐周围的绞痛为主，另外，患者还会出现明显的腹泻次数增多。
另外，严重的神经毒素食物中毒的患者，还会伴随着头晕、头痛、短暂性意识丧失等临床症状；但是，急性胃肠炎的患者，并不会有上述典型的明显症候群。
另外，导致食物中毒的原因和急性胃肠炎的病因也不完全相同。引起食物中毒的原因，通常有感染性的因素，也有一定的非感染性的因素；而急性胃肠炎通常是感染而导致的。