淋球菌性肛门直肠炎要通过三个方面来确诊：
第一，患者有明确的不洁的性生活时，而且性伙伴患有淋病，在和性伙伴进行性生活后发病。
第二，患者有肛门直肠炎的症状，比如患者可以出现肛门瘙痒、肛门部位烧灼感的症状，通过肠镜对肛门进行检查发现直肠部位存在炎症。
第三，可以对肛门的分泌物进行细菌学的培养，如果培养结果有淋球菌存在，就可以对患者的病情进行明确的诊断，可以对患者进行有针对性的治疗，细菌学的检查是明确诊断的重要方法。