急性肠炎的症状与感染的病原微生物有一定关系。
如果是受到病毒感染，尤其是轮状病毒感染后起病比较急，同时可能会伴有发热、恶心、呕吐以及上腹部不适等症状，大便成水样或者蛋花汤样，每日大便的次数可以达到10余次，部分患者可能首先出现恶心、呕吐，随后才会出现腹泻的症状。如果有出现电解质紊乱，比如低钾血症时，还可能会导致患者出现心律失常，做心电图时可以出现明显的异常。
如果受到细菌感染所引起的急性肠炎，一般是大便次数的增多，呕吐症状相对较轻。