治疗心源性脑栓药物特效药，主要与治疗脑梗死药物类似。
目前脑梗死发生后3小时内有特效药物，即溶栓药，适用于18-80岁，无其它肝、肾、心脏疾病的患者，以及近期无大手术的患者。可以重新开放血管，在疾病爆发后不超过6小时，可以使用尿激酶和其它药物进行溶栓治疗，但更有可能三小时内抗血小板的使用大大减少，但心源性脑血栓疗效不肯定。
此外，治疗的急性期为丁苯酞、依达拉奉、血栓通、银杏叶制剂等，可在医疗指导下使用。