心源性脑血栓相对是很危险的。在急性期常规药物或速尿、白蛋白脱水、主动溶栓、血管舒张、抗凝、抗血小板聚集治疗，心源性脑血栓不易恢复，需要积极治疗，才能提高患者对抗脑血栓形成的信心，相信一定能康复。
另外心源性脑血栓的死亡率，也取决于脑梗死的部位和面积。一般如果脑栓塞的位置特别重要，比如在脑干，病人的死亡率很高。
除了一些危险部位外，大面积脑栓塞也会增加病人的死亡率，因此应根据栓塞的具体部位和面积进行判断。