治疗脑血栓是没有特效药的，其治疗需要根据患者的病情程度，来选择针对性的药物进行治疗。
如果在脑血栓发病6小时以内，只要没有禁忌症，可以立即形溶栓治疗，常用的药物有阿替普酶或者尿激酶，这类药物可以恢复脑部血流灌注，使脑神经细胞最大程度的得以恢复。
如果超过了6小时的治疗时间窗，只能对症处理。可以应用抗血小板聚集的药物，如阿司匹林或者氯吡格雷，以及调制稳定斑块的药物，如阿托伐他汀或者辛伐他汀，还有营养脑神经的药物如依达拉奉，以及建立脑部侧枝循环的药物如丁苯酞软胶囊。