Fanconi综合征的常见病因包括遗传性、获得性和外源性因素。遗传性因素分为特发性主要为常染色体显性遗传以及x性连锁遗传。还可以散发性以及胱氨酸沉积病、Ⅰ型酪氨酸血症、半乳糖血症、Ⅰ型糖原贮积症、线粒体病、遗传性果糖不耐受症等。
而获得性因素主要包括副蛋白血症，多见于多发性骨髓瘤。还可见于肾病综合征、慢性肾小管间质肾炎、肾移植以及恶性肿瘤等。外源性因素包括重金属感染、药物以及化学物质。重金属主要为钙汞、铅、铂等，而药物主要包括顺铂、氨基糖苷类抗生素、硫唑嘌呤、丙戊酸盐、过期的四环素等等。化学物质主要包括甲苯、马来酸盐、百草枯以及甲酚溶液等等。