肠白塞病可以吃益生菌类药物来治疗，尤其是伴有肠道菌群功能紊乱的患者，适当地服用上述药物，可以促进疾病的缓解。假如患者没有肠道菌群功能紊乱，服用益生菌类的药物对于该疾病的治疗效果可能会有所欠佳。
临床当中引起该疾病的原因不是很清楚，可能与感染因素、遗传因素以及环境因素都有一定的关系。
在选择用药方面，需要给患者使用秋水仙碱、糖皮质激素以及免疫抑制剂等药物来促进疾病的缓解，部分的患者还可能需要使用生物制剂给予治疗。