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苯丙酮尿症会影响智力。但如果早发现，及时的干预治疗，异常代谢产物少堆积甚至接近不堆积，长期有效的管理，几乎不会影响智力，可以和普通人一样健康的生活。 苯丙酮尿症患者最重要的治疗方法是饮食管理，而且所有建议都是个体化的管理，也就是根据血中浓度，随时调整饮食，需要终身的监测，才能把智力的损害减到最低。
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