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新生儿期出现肺不张，要根据引起肺不张的原因进行治疗。如果是早产儿、窒息，或糖尿病母亲生的新生儿，由于缺乏肺表面活性物质导致的呼吸窘迫综合征，进而引起的肺不张，一般需要在出生3天内，进行1次或2次的气管插管，给予表面活性物质的补充。
如果是胎粪吸入性肺炎、感染性炎症等原因，导致痰液较多，阻塞支气管而导致的肺不张，要针对炎症进行消炎的治疗，可以用支气管镜进行灌洗。
如果是异物引发的新生儿肺不张，可以通过电子喉镜或支气管镜取出异物，取出异物后，通过给予呼吸机支持，使肺复张，以治疗肺不张。
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