吃完益生菌反而便秘一般与饮食不当、胃肠道疾病原因有关。
益生菌具有调节肠道菌群的作用，可以缓解由菌群失调引起的便秘和消化不良等症状。如果患者服用益生菌期间饮食习惯不佳，经常食用辛辣、油腻、刺激性食物，或饮酒、饮水过少、缺乏运动等，都可影响益生菌的疗效，导致胃肠蠕动变慢，出现便秘症状，从而被误认为是益生菌引起的便秘。
另外，如果患者本身存在胃肠道疾病，比如肠梗阻、肠道息肉、胃肠炎症等，这些疾病均可引起便秘。而益生菌只能用于治疗肠道菌群紊乱引起的便秘，并不能治疗其他疾病，患者还需针对引起便秘的病因进行针对性治疗，清除炎症，解除梗阻，才能改善便秘现象。
益生菌属于对人体有益的微生态制剂，比较常见的有乳酸菌素片、双歧杆菌三联活菌胶囊等，可以抑制致病菌的生长，保持肠道菌群的正常状态，在一定程度上缓解便秘，但不会引起便秘。
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