咽拭子检测的目的，主要是提取咽部的分泌物进行病毒或细菌培养分离，目前临床常见于新冠核酸检测。
当身体感染各种细菌和病毒时，如葡萄球菌、肺炎链球菌、新型冠状病毒、腺病毒等，都会通过使用咽拭子检测的方式对病原体进行检测。主要是由医护人员使用医用棉签提取咽部少量分泌物，并将这些分泌物进行细菌或病毒培养分离，进一步的诊断身体感染的细菌类型、病毒类型，从而帮助医生确诊病情。
目前咽拭子检测临床上常用于新型冠状病毒检测，并且在进行实验室检查时，会采用荧光定量PCR的检测方法，如果所检测的分泌物中存在新型冠状病毒，即可在病毒中检测出荧光信号，这种情况则表示结果阳性。但如果检测不出荧光信号，则表示并未感染新型冠状病毒。
在进行咽拭子检测后，应避免吃辛辣刺激性的食物，如辣椒、花椒、大蒜等，以免对患处造成刺激使损伤加重。
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