不建议长期使用乳酸菌胶囊。乳酸菌素胶囊是临床上较常用的，可以调节肠道菌群、改善消化的药物。其主要成分是乳酸菌，一般不会产生明显副作用。如果出现肠道菌群紊乱导致大便异常可以服用，但其一般用于急性腹泻的治疗，长期服用可能会出现明显副作用。
需要注意的是，不建议婴幼儿服用，婴幼儿因为其年龄太小，吞咽功能不完善，服用胶囊类药物容易出现哽噎而发生危险，建议婴幼儿可服用枯草杆菌二联活菌颗粒、肠道益生菌等替代。
要注意有乳酸菌过敏者要禁用，有过敏体质者慎用，需要在医生的指导下服用。
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