导致肾囊肿的原因主要是：单纯性的肾囊肿、多囊肾、获得性的肾囊肿。
1.单纯性肾囊肿。发生的原因不是非常的明确，可能是与年龄有一定的关系，随着年龄增加以后引起肾小管憩室增加并形成囊肿。
2.多囊肾。发生的原因是与遗传基因出现突变有关系，这属于遗传性的一种疾病。
3.获得性的肾囊肿。主要多见于进行血液透析病人，长期血液透析接触透析器、血路管等，这些含有增塑剂的材料可以刺激肾小管出现囊肿。其中多囊肾是最严重的，更需要积极进行治疗。
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