肺炎支原体阳性轻症者一般能自愈，而重症或有心肌损害等并发症者不治疗则无法自愈，需积极对症治疗。
肺炎支原体检测结果阳性可确诊为支原体肺炎，具有一定的自限性，多数轻症的患者无需药物治疗即可自愈。若在发病早期使用罗红霉素、阿奇霉素等大环内酯类药物，以及左氧氟沙星等喹诺酮类药物，能够有效地减轻咳嗽、头痛、疲乏等不适症状，还能够缩短病程。
对于重症患者或并发心内膜炎、心包炎、血小板减少性紫癜等疾病的患者，需要积极地进行对症治疗。如患有心内膜炎，可根据血培养结果选择青霉素、链霉素、庆大霉素等抗生素治疗。如患有心包炎，可选择阿司匹林等非甾体抗炎药物缓解疼痛，必要时行心包穿刺术等。如患有血小板减少性紫癜，可选择糖皮质激素、免疫球蛋白等药物治疗，必要时行脾切除术。
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