新生儿肝炎通常是感染因素、胆汁排泄障碍、代谢缺陷病等原因造成。
1.感染因素。大多数新生儿肝炎是由各类病毒感染所引起，例如乙肝病毒、疱疹病毒、巨细胞病毒、柯萨奇病毒等。部分新生儿是细菌性感染所引起，例如梅毒螺旋体、弓形虫等引起的新生儿肺炎。
2.胆汁排泄障碍。通常是新生儿肝脏内外胆管发育不全、胆汁过于黏稠，或者是肝脏、胆道中存在肿物等，均可引起胆汁排泄障碍，进而造成新生儿肝炎。
3.代谢缺陷病。比较常见的包括半乳糖血症、α1-抗胰蛋白酶缺乏症、肝豆状核变性等，大多数是母体在妊娠期间感染了单纯疱疹病毒、巨细胞病毒以及风疹病毒等所引起。以上病毒感染之后，母体不一定发病，但会通过阴道分娩而直接传染给新生儿，导致新生儿肝炎的发生。
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