新生儿肝炎绝大部分是宫内感染，但也有少部分是非宫内感染因素。
新生儿肝炎绝大部分是乙肝感染。乙肝病毒通过母婴传播导致新生儿感染，也就是胎儿母亲将乙肝病毒通过胎盘传染给子宫内胎儿，使胎儿感染乙肝，属于典型宫内感染。使其胎儿出生后即为乙肝患儿。
但是新生儿肝炎也包括其他类型的肝炎，如药物性肝炎、先天性胆管发育异常所导致的肝炎。这些肝炎并不是因为感染乙肝所引起，而是有其各自原因，就不属于宫内感染。