脊髓粘连多是由先天性因素引起，具体原因不明。
正常状况下脊髓的末端与脊椎管的相对位置会因年龄而异，在胚胎九周时，脊髓圆锥与脊椎管的末端高度一致。在胚胎二十四周时，脊髓圆锥的位置上升到第一节骶椎的位置。
到新生儿时期，脊髓圆锥的位置上升到第三节腰椎下缘的位置。到出生后三个月，脊髓圆锥的位置上升到第一与第二节腰椎交界的位置，之后二者之相对位置便固定下来。也就是正常状况下随着胎儿成长，脊髓的末端相对于脊椎管应该逐渐上升才对，脊髓粘连的患儿则与之不同。
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