真菌性肠炎在肠道感染的疾病中发病率在逐渐增多，它的发生率为百分之一点六。消化道是它侵入体内的主要传染途径。
白色念珠菌和曲菌是常见的病原菌。真菌性肠炎如果运用中医治疗就需要辨证施治，扶正祛邪，提高身体的免疫力和改善全身状况。同时，还需要用有效的抗真菌药物治疗，比如可以用大蒜、黄连、毛姜等一些中药，它们都具有一定的抗真菌作用。
大蒜素制成的注射液就是由大蒜的有效成分提炼而来的，它可以静脉滴注，也可以口服。还有人用中药煎成汁，灌肠效果也不错。