结直肠管状腺瘤伴不典型增生的原因，目前并不能明确，部分学者认为跟遗传因素有关。
目前已有相关文献报道，高脂肪的饮食以及不良的饮食习惯和胃肠道菌群的功能紊乱，也与此病发生有相关性。具有家族遗传性胃肠道肿瘤史的人，患结直肠管状腺瘤以及出现不典型增生的几率就会升高。
平时饮食多油、高糖、高脂肪饮食的人群，总摄入粗纤维水果、蔬菜不足的人群，以及长期用一些抗生素或免疫制剂的药物，导致胃肠道菌群紊乱的人群，都是结直肠管状腺瘤伴不典型增生的原因。