直肠管状腺瘤伴低级别上皮内瘤一般治疗主要是手术治疗为主。
对于症状不是很严重或者是腺瘤比较少也可以通过直肠镜或者是结直肠镜在井下进行套扎切除的方式来进行治疗，但是做这种介入手术的前提一定要术前做病理，这样以免因切除范围不够而影响患者的复发或者是出现转移等情况。
另外对于直肠管状腺瘤低级别上皮内瘤变如果广泛、多发，无法介入单纯切除时也可以考虑进行直肠切除重新做肠管的吻合手术，这样切除的范围更广，而且治疗更及时有效，防止复发的可能。