直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘的主要区别有以下几个：
第一，发生部位不同。直肠尿道瘘是指直肠与尿道之间出现病理性窦道；而直肠膀胱瘘是指直肠与膀胱之间出现病理性窦道。虽然尿道和膀胱都属于泌尿系统，但发生部位并不相同。
第二，发生原因不同。后天性直肠尿道瘘一般多见于前列腺切除术后的患者；而直肠膀胱瘘多见于膀胱癌放射治疗后及直肠手术术后的患者。两者的临床症状大致相同，均有可能导致直肠内有尿液漏出、气尿以及粪尿并且伴有反复发作的尿路感染症状。