临床上没有治疗肠胃炎的特效药物。
肠胃炎在治疗时，一般可通过保护胃黏膜、抑制胃酸分泌、调理胃肠功能类的药物治疗。同时，还应注意饮食，保护胃黏膜的药物比较多，常见的有氢氧化铝凝胶、硫糖铝，服用后能够增强身体的抵抗能力，药物能在胃部强酸的环境下，对黏膜部位形成一层保护层，防止胃酸再次对黏膜造成伤害。
另外，抑制胃酸的药物，常见的有西咪替丁、雷尼替丁、奥美拉唑能减少胃酸分泌，减轻患者症状。治疗时也可配合调理胃肠道功能的药物，常见的有吗丁啉、胃腹安，能促进胃肠道蠕动，但是用药时一定要在医生指导下。