上颌窦囊肿通过手术基本可以达到根治的目的。
手术的方式分为传统手术和微创手术两种，一般传统手术是经唇龈沟处进入，将上颌窦前壁的部分开放，然后在直视下将囊肿切除。手术所产生的创口较大，所以患者术后恢复较慢，还有部分患者会有上列牙痛的后遗症出现。
而微创手术目前较为流行，是通过鼻内镜的观察下，对上颌窦的窦口进行扩大和开放，然后再将其切除。手术所产生的创伤较小，患者恢复较快，并且术后不会出现明显的并发症。两种方式都可以达到根治的目的，并且患者术后很少会出现复发的现象。