大多数自我观察到阴茎短小不需要做特殊治疗处理，由于阴茎的外观长度存在较大的个体差异，疲软时阴茎海绵体无足够的充血量，疲软状态下的短小外观属于正常生理现象，只要勃起时的径线测值能够达到8cm以上，不需要做特殊治疗处理。
由于发育畸形异常或者是外力损伤等原因导致的阴茎过度短小，不能进入阴道完成性交，则需要根据情况做阴茎延长手术，或者是阴茎矫形手术治疗处理。
可就诊到泌尿专科，临床专业手法测量阴茎尺寸，必要时辅助性激素化验、染色体等相关检查后制定治疗方案。