阴茎发育一般与雄性激素关系密切，成年人阴茎短小。一般是因激素分泌不足，需要根据导致阴茎短小的发病原因进行针对性的治疗。因为成年男性一般阴茎不会再发育，所以用激素替代治疗，可能疗效欠佳。
如果激素内分泌治疗无效，患者一般会因阴茎短小导致性生活受限制，此时可以行手术治疗。如阴茎延长加粗术或阴茎再造术以及阴茎假体植入术。
对于特殊疾病，如先天性睾丸发育不全的患者。如果患者要求强烈，可以选择行变性手术，对于阴茎短小的患者还需心理疏导安慰治疗。