月经时间长不干净可能和以下几方面的原因有关：
1.在月经期间服用了某些药物。如阿司匹林、氯吡格雷等，一般在停用药物之后，症状会明显缓解。
2.女性在月经期间进行了剧烈的活动，也会导致月经时间延长，建议女性在月经期间进行休息，避免劳累及激烈的运动。
3.功能性的子宫出血，如黄体功能异常，会导致子宫内膜脱落不规则，月经时间延长。可以在医生的指导下口服避孕药或性激素类的药物，也可以结合止血药物，若症状仍未缓解，可以在门诊进行诊断性的刮宫，进一步明确原因，积极治疗。