慢性呼吸衰竭是否会复发，要视其具体的病情而定。慢性呼吸衰竭的形成，需要数日或更长的时间。在此期间，如果引起慢性呼吸衰竭的病因得到有效的控制或治愈，其病情可逐渐地好转。慢性呼吸衰竭并不一定会复发，例如胸部的外伤、胸部手术、脑炎等患者。
但要注意大多数慢性呼吸衰竭的病因不能治愈，此时容易出现呼吸衰竭反复加重或持续存在。特别是慢阻肺、肺间质性病变、胸廓和脊柱的畸形、部分神经肌肉病变等。在其病情反复加重时，慢性呼吸衰竭可以复发。
此类患者需要加强病因治疗和无创呼吸机的处理，来控制其呼吸衰竭的程度，避免呼吸衰竭复发或急性加重。