扁桃体隐窝炎通常是不能自愈的。
因为此类疾病大多数都是由于扁桃体隐窝内存在的食物残渣等长时间的腐化变质，滋生了细菌感染所导致的。而细菌感染引发的炎症性疾病，通常无法通过自身的免疫力清除，所以自愈性并不强。
对于已经出现了明显的扁桃体隐窝炎的患者，建议尽快服用足量的青霉素等抗生素类药物，进行抗炎治疗。及时的抗炎治疗，可以避免扁桃体隐窝炎的炎症扩散，同时也可以降低扁桃体严重充血肿大的几率，避免扁桃体隐窝炎向慢性疾病转变。