念珠菌性甲沟炎是因为感染念珠菌而引起的，而念珠菌属于真菌的一种，也是属于一种微生物，所以对于念珠菌性甲沟炎的治疗，也是要以抗真菌药物为主。
如果甲沟炎的数量不多或者是症状不严重，单纯性的外用药物治疗就可以了。如果患者甲沟炎的数量多，而症状比较严重，则可以将口服的抗真菌药物加上一起使用。比较常见的有氟康唑胶囊或者是盐酸特比萘芬片或者是伊曲康唑胶囊等，这些药物通常需要服用一段时间才能够起到治疗的作用，患者一定要按照疗程来服用抗真菌药物。