肛门异位的主要症状即是患者会出现排便的异常。当异位的肛门周围没有肛门括约肌时，就会导致患者无法控制排便，粪便可自行流出，导致类似肛门失禁的症状。
而当异位的肛门开口太小时，就有可能会导致患者排便困难、大便非常细、便秘等等一些症状。
肛门异位是由于先天发育异常所导致的，如果病人没有任何的临床症状，也不需要特殊的治疗措施。但如果伴有肛门失禁，或者排便困难、便秘等症状，在临床上就需要行手术治疗，改善局部的症状。